graduatoria interna: la continuità nella sede è a prescindere dal ruolo?

fino all'anno scorso ero su sostegno, ora su comune...vale ugualmente la continuità in sede?

No, non hai più diritto né al punteggio della continuità di scuola, né a quello sulla sede (comune). Questo perché il Ccnl, da sempre, prevede come condizione che non vi sia “soluzione di continuità” nel servizio prestato nella scuola, ma nella “stessa tipologia di posto”. Nel tuo caso la prima condizione è soddisfatta, ma la seconda no perché cambierai tipologia d’insegnamento (posto), da insegnante di sostegno ora diventerai insegnante su posto comune (nota 5 alla tabella di valutazione allegato D).