Se uno è iscritto in più grauatorie, il rifiuto di una supplenza comporta sanzioni solo in una graduatoria, non nelle altre, giusto?

Se sono in graduatoria in a034 e a049 e rifiuto una supplenza in a034, questo non intacca nulla nella a049, giusto?

Esatto. Il riferimento è il DM 131/07 (il cosiddetto Regolamento per il conferimento delle supplenze)
Art 8. 1.b.1.
Supplenze conferite sulla base delle graduatorie di circolo e di istituto:
la rinuncia ad una proposta contrattuale o alla sua proroga o conferma
ripetuta per due volte nella medesima scuola comporta, esclusivamente per
gli aspiranti totalmente inoccupati al momento dell’offerta di supplenza, la
collocazione in coda alla relativa graduatoria di terza fascia;

Vale anche per le GaE
Art 8. 1.a.1.
Supplenze conferite sulla base delle graduatorie ad esaurimento:
la rinuncia ad una proposta di assunzione o l’assenza alla convocazione
comportano la perdita della possibilità di conseguire supplenze sulla base
delle graduatorie ad esaurimento per il medesimo insegnamento;